De huidige ordening van het archief werd aangelegd door Christine D’haen die hiervoor gedetacheerd werd door het Ministerie van Onderwijs via het Centrum voor de Studie van het Vlaamse Cultuurleven gelieerd aan het AMVC.

Er wordt een onderscheid gemaakt tussen drie grote onderdelen:

Handschriften van het oeuvre en het wetenschappelijke werk

De handschriften zijn onderverdeeld volgens genre: poëzie, proza en het wetenschappelijke en filologische werk en binnen deze rubrieken per uitgave of inhoudelijke categorie. Strikte grenzen zijn er niet altijd te trekken. Zo verknipte Gezelle vele van zijn handschriften om het papier te hergebruiken voor taalfiches. De originelen werden opnieuw gereconstrueerd en bij de poëzie ondergebracht, die voorrang kreeg bij de ordening. Het Gezellearchief bevat documentaire bronnen in diverse vormen: autografen en apografen, voltooide werken en onvoltooide, gepubliceerde en ongepubliceerde. Ze vertegenwoordigen verschillende stadia in de wording van het werk, gaande van kladversies, over netversies en al dan niet gecorrigeerde drukproeven tot en met de vele gelegenheidsdrukken in de vorm van versierde bidprentjes, huwelijksaankondigingen, feestelijk drukwerk voor religieuzen, …