Na zijn dood liet Gezelle een indrukwekkende verzameling papieren na: stapels poëziehandschriften, talrijke brieven, hopen filologische notities en heel wat andere documenten… Zijn neef Caesar Gezelle (1875-1939) werd de wanhopige erfgenaam. In zijn familiekroniek over de Gezelles beschrijft Stijn Streuvels hoe Caesar tijdens de oorlog het archief in Vlaanderen achterliet. Het was de plichtsbewuste priester Lodewijk De Wolf die het archief uit het puin redde om het terug te bezorgen aan de rechtmatige eigenaar. De oorlog liet zijn sporen na, zoals bijvoorbeeld kogelinslagen op boeken uit het archief. Van de nood een deugd makend, begon Caesar Gezelle toen te publiceren over zijn bekende oom aan de hand van zijn archiefstukken en zijn eigen herinneringen. In wetenschappelijke kringen werden deze bijdragen eerder kritisch ontvangen, waardoor de verbitterde Caesar Gezelle weigerachtig werd om nog verdere toegang tot het archief te verlenen. In de aanloop naar het Jubileumjaar 1930 besloot Caesar Gezelle toch het archief vrij te geven. Geleidelijk aan droeg hij de stukken over aan het nieuw opgerichte Gezellemuseum (1926). De laatste stukken uit het familiearchief kwamen na de dood van Caesar Gezelle in 1939 in het Gezellemuseum terecht.